Babylon A.D., yakın gelecekte savaşların, küresel ısınmanın ve ekonomik çöküşün darmadağın ettiği distopik bir dünyada geçiyor. Deneyimli ve amansız bir paralı asker olan Toorop, Rusya'daki bir manastırdan Aurora adında gizemli bir genç kadını alıp New York’a sağ salim ulaştırmak üzere çok yüksek ücretli bir görev üstleniyor. Aurora’ya yolculuk boyunca eşlik eden koruyucu rahibe Rebekah ile birlikte Doğu Avrupa'nın tehlikeli ve tekinsiz yeraltı dünyasından geçmek zorunda kalıyorlar. Ancak yolculuk ilerledikçe Toorop, koruduğu bu kızın sadece masum bir mülteci olmadığını, insanlığın kaderini tamamen değiştirebilecek genetik bir sırrı ve virüsü vücudunda taşıdığını fark ediyor.