Uzay trafik kurallarını ihlal ettikleri için tutuklanan genetik olarak geliştirilmiş süper insan Chiharu ile siborg arkadaşı Makina, kamu hizmeti cezası olarak gezegenler arası bir treni temizlemekle görevlendirilir. Kendileri gibi suçlu diğer dört mahkumla birlikte treni temizlerken, "Milky☆Subway" adlı bu araç aniden ve gizemli bir şekilde derin uzaya doğru fırlatılır. Trenin beklenmedik bir şekilde kontrolden çıkmasıyla birlikte, bu uyumsuz suçlu ekibi hayatta kalmak ve galaktik bir krizi önlemek için kaos dolu bir maceraya atılmak zorunda kalır.